ریاست دانشگاه مدیترانه شرقی از طریق انتخابات و با رای مستقیم کارمندان، اعضا هیات علمی و نماینده دانشجویی انتخاب می شود و بمدت 5 سال مدیریت دانشگاه را زیر نظر هیات امنا برعهده می گیرد. در حال حاضر ریاست و معاونین دانشگاه بشرح زیر می باشند:
- ریاست دانشگاه: Prof. Dr. Hassan Kilic
- معاونت آموزش: Prof. Dr. Osman Karatepe
- معاونت امور دانشجویی: Prof. Dr. Sonuc Zorlu
- معاونت امور اجتماعی و فرهنگی: Prof. Dr. Mustafa Tumer
- معاونت امور اداری و فنی: Prof. Dr. Salih Katircloglu
